Впервые такой орган как самостоятельное ведомство, как Государственная инспекция труда при Министерстве труда и социальной защиты Кыргызской Республики был создан в марте 1999 году, что стало отправной точкой отсчета в истории органа по контролю и надзору трудового законодательства нашей страны.

В феврале 2012 года связи с реформированием органов исполнительной власти Кыргызской Республики была образована Государственная инспекция по экологической и технической безопасности при Правительстве Кыргызской Республики, куда были переданы функции по контролю и надзору трудового законодательства и охраны труда.

В марте 2021 году эти же функции были переданы под непосредственное подчинение, как управление в Министерство здравоохранения и социального развития Кыргызской Республики.

И вот в декабре 2021 года образовался новый орган «Служба по контролю и надзору трудового законодательства» при Министерстве труда, социального обеспечения и миграции Кыргызской Республики.