Кыргыз Республикасынын Эмгек жана социалдык коргоо министрлигинин алдындагы Мамлекеттик эмгек инспекциясы сыяктуу өз алдынча мекеме катары орган биринчи жолу 1999-жылдын март айында түзүлгөн, бул биздин өлкөнүн эмгек мыйзамдарын контролдоо жана көзөмөлдөө боюнча органдын тарыхында баштапкы кадам болуп калды.

2012-жылдын февралында Кыргыз Республикасынын аткаруу бийлик органдарын реформалоого байланыштуу Кыргыз Республикасынын Өкмөтүнө караштуу Экологиялык жана техникалык коопсуздук боюнча мамлекеттик инспекция түзүлүп, ага эмгек мыйзамдарын контролдоо жана көзөмөлдөө жана эмгекти коргоо функциялары өткөрүлүп берилген.

2021-жылдын март айында ушул эле функциялар Кыргыз Республикасынын Саламаттык сактоо жана социалдык өнүктүрүү министрлигине түздөн-түз караштуу башкармалык катары өткөрүлүп берилген.

Ал эми 2021-жылдын декабрь айында Кыргыз Республикасынын Эмгек, социалдык камсыздоо жана миграция министрлигине караштуу жаңы “Эмгек мыйзамдарын контролдоо жана көзөмөлдөө боюнча кызматы” органы түзүлгөн.